Die Organe der GdS sind der Gewerkschaftstag, der Bundeshauptvorstand und der Bundesvorstand.
1) Als oberstes Organe der GdS besteht der Gewerkschaftstag aus dem Bundesvorstand, den Vertretern der Landesverbände, der Bundesjugendleitung und den Jugendleitungen der Landesverbände. Seine Aufgaben bestehen unter anderem durch Beschluss über Angelegenheiten von grundsätzlicher Bedeutung, Anträge zur Änderung der Satzung und die Behandlung der zum Gewerkschaftstag gestellten Anträge zu entscheiden. Zudem wählt er die Mitglieder des Bundesvorstandes. Er findet alle fünf Jahre statt.
2) Der Bundeshauptvorstand besteht aus dem Bundesvorstand, den Vertretern der Landesverbände und der GdS-Bundesjugendleitung. Er tritt mindestens einmal im Kalenderjahr zusammen und hat eine Vielzahl an Aufgaben wie z. B. die Entscheidung über Fragen des Beamten-, Dienstordnungsrechts- und Tarifrechts, des Arbeits- und Sozialrechts sowie der Aus-, Fort- und Weiterbildung. Darüber hinaus entscheidet er auch über seine Besetzung im Falle eines vorzeitigen Ausscheidens und über die Aufstellung und Änderung der Rechtsschutzordnung, der Arbeitskampfordnung, der Beitragsordnung.
Der Bundeshauptvorstand handelt für den Gewerkschaftstag, sofern die Angelegenheit nicht bis zum nächsten Gewerkschaftstag aufgeschoben werden kann. Zudem ist der Bundeshauptvorstand im Einzelfall berechtigt, Aufgaben, die in die Zuständigkeit des Bundesvorstandes fallen, an diesen weiter zu delegieren.
3) Der Bundesvorstand besteht aus dem Bundesvorsitzenden, drei Stellvertretern, acht weiteren Mitgliedern, dem Bundesgeschäftsführer und seinen Stellvertretern und dem Bundesjugendleiter. Der Bundesvorstand wird vom Bundesvorsitzenden einberufen und vertritt die GdS nach außen. Er ist für die im Rahmen der vom Gewerkschaftstag und dem Bundeshauptvorstandes gefassten Beschlüsse für die Politik verantwortlich. Insbesondere fördert er die Arbeit der Landesverbände und bereitet die Beschlüsse des Bundeshauptvorstandes vor. Einberufen wird er vom Bundesvorsitzenden.
Die Organe der GdS und ihre Aufgaben und Pflichten sind in der Satzung der GdS verankert.